一、進出口申報及流程
根據日本《海關法》規定，一般情況下，應將進出口貨物運入保稅區域（注1）后，再向海關申報。海關接到進口申報后，進行單證審查和必要的貨物查驗，有稅貨物原則上待企業繳納關稅等稅金后,海關予以放行,企業方能提貨。（通關流程請見附件7、附件1、附件5）但也存在例外規定，其簡要情況如下：
進口
(一)可不進入保稅區域條件：
1.散裝貨物等可不運入保稅區域；
2.蔬菜、魚類等需快速運走的航空貨物；
3.風險管理認可的“特例企業”。
(二)可先提貨條件：根據規定，具備以下條件，向關長提出關稅擔保并獲得關長同意后，可先提貨。
1.貴重品、危險品、有變質、損壞可能的貨物；
2.因參加展覽會受時間限制的貨物；
3.因適用特惠稅率待交原產地證書的貨物；
4.合同規定卸貨后需核實數量，申報時數量還未確定的貨物。
(三)先放行，后納稅條件：（通關流程請見附件4）
符合特例申報制度規定的，可先放行，后納稅。適用特例申報制度的對象主要是通過了安全性管理和遵紀守法風險控制機制并經關長批準的“特例進口者”，目的是減少進口者成本，提高便利性。
(四)預審制的適用：
預審制是貨物到達之前或食品進口檢驗檢疫未完結前，先向海關申報，海關預先進行單證審核、確定是否查驗貨物的制度。因此，企業可視情況提前進行“預申報”，達到海關手續和其它法律規定的手續同時辦理，節省時間的目的。如貨船進港滯后，無法按約定時間將貨物運入保稅區域，處于等待狀態時，也可先向海關申報，待貨物運入保稅區域后就能很快獲準放行、提貨。(通關流程請見附件3、附件2)
出口
根據特定出口申報制度，通過了安全性管理和遵紀守法風險控制機制并經關長批準的“特定出口者”，可直接向貨物存放地（包括本工廠的倉庫）或貨物將要出口（包括運送途中）的海港、空港所在海關關長申請，獲得批準后，貨物可不運入保稅區域便予以放行。根據日本《海關法》規定，出口貨物無稅，出口流程相對簡單。(出口貨物流程請見附件6)
二、申報的主體
根據日本《關稅法》規定，進口申報可由貨物的進口人進行，也可委托經海關批準的通關業者(相當于報關行)辦理,日本的通關業者可以是法人，也可以是個人。同時，日本《通關業法》也規定，通關業者的主要業務是接受委托，代理辦理向海關申報等通關手續；代理交納進出貨物各種稅費等；代理辦理關稅的更正、退還申請、關稅的減免等手續；代理提出行政申訴和復議等。目前，企業為節省時間、減輕雇用專業人員成本、提高效率，多委托通關業者向海關申報，辦理通關手續。
三、日本的電子通關信息處理系統—NACCS
日本的通關電子化首先是從航空貨物進口業務開始的。根據1977年5月通過的《關于航空運輸貨物通關手續特例等的法律》及其相關政令，同年7月日本政府和民間企業共同出資設立了航空貨物通關信息處理中心，1978年8月該中心啟用了航空貨物通關信息處理系統（Air-NACCS: Air Nippon Automated Cargo Clearance System），處理航空進口貨物通關手續及相關民間業務，1985年該系統開始受理出口航空貨物其他相關業務。1991年該中心又啟動了海運貨物通關信息處理系統（Sea-NACCS），1999年后，日本所有海港和空港均可使用此系統，2008年10月，Sea-NACCS又和辦理港口手續的國土交通省的EDI整合，建成了進出口港灣相關信息處理系統（NACCS），2010年2月，Air-NACCS 和Sea-NACCS進行整合，形成了綜合統一的NACCS系統，并與處理貿易管理手續的經產省貿易管理系統合為一體。
NACCS中心的有關業務既包括海關通關手續等電子政務部分，又包括通關過程中貨物物流信息管理等電子商務部分。即貨物進出口報關、審查、裝卸、保稅運輸、繳納關稅以及海關進出許可通知等所有通關手續都可通過NACCS進行處理。據了解，截至2013年9月止，日本進出口貨物中，約98%是通過NACCS進行電子申報的。
NACCS中心與主要的進出口企業之間架設專線，系統主機與用戶計算機專線直接連接。對貨物處理量較小的中小企業，系統還保留了通過因特網使用電子郵件方式（net NACCS）進行通關手續的方式，雖然通關時間上長于專線，但成本費用較低，滿足了不同使用者的要求。
四、日本的無紙通關
2013年10月13日起，通關時須向海關提交的單證可用PDF等電子文件方式，通過“NACCS”系統傳輸至海關，標志著日本海關無紙通關的開始。企業通關既可選擇通過“NACCS”系統提交通關電子單證，也可直接向海關提交紙質單證。海關對通關電子單證審核后，認為無需核查紙質單證時進行電子單證放行。但還需查證原件或核實數量等情況時，企業應在電子單證放行后3日內向海關提交或出示單證原件。
無紙通關推進目標：
一是變通關紙質單證為PDF等文件形式向海關提交，加快通關單證的無紙化；
二是強化“NACCS”系統與貿易手續相關的國際物流信息情報平臺功能，推進民營企業間貿易交易的電子化，即與“NACCS連接。
無紙通關實施進度：
2013年度“NACCS”系統更新時減少紙質通關單證、促進在“NACCS”系統的電子發票業務發展（包括向企業等推銷、實施發票業務程序變更等）；用PDF等文件方式傳輸通關相關單證。
2017年度 “NACCS” 升級時達到推進其他法令手續等的電子化；民營企業間貿易交易的電子化，即與“NACCS連接（包括海運單、保險金明細等）；無紙通關手續的規范化。
由于日本的無紙通關從2013年10月才開始，無紙通關率相關信息暫無。
五、報關單格式請見附件8-13
注1：保稅區域指指定保稅區、保稅倉庫、保稅工廠、保稅展場、綜合保稅區五類，涵蓋海關一般監管區域和特殊監管區域。依據《關稅法》第一節。
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